Gustáv Kováč, Anna Porubenová, Michal Farkaš, Pavel Blažíček, Stanislav Oravec, Štefan Kečkéš, Alena Kristova Ústav chémie, klinickej biochémie a laboratórnej medicíny LF SZU Bratislava Úvod Cieľom poznámok je poskytnutie aktuálnych informácií o ochorení COVID-19 so zameraním na oblasť laboratórnej diagnostiky Sústreďujeme sa na podstatu stručnosť prehľadnosť textu Problematika je aktuálna a vo vývoji, preto informácie nie sú definitívne nemôžu byť vyčerpávajúce Metóda V časti “Výsledky“ sa vyjadrujeme k patofyziologickému kontextu klinickému kontextu a zameriavame sa na možnosti laboratórnej diagnostiky COVID-19. V časti „Diskusia“ sa vyjadrujeme k ďalším aspektom pertraktovanej problematiky Na záver uvádzame súhrn poznatkov odporúčania zoznam použitej literatúry. Výsledky Poznámky k patofyziologickému kontextu COVID-19 = COrona VIrus Disease 19 názov ochorenia dolných dýchacích ciest (MKCH: U07.1) alternatívny názov ochorenia SARS-CoV-2 infection SARS-CoV-2 = Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 názov vírusu – etiologického agens Vírus SARS-CoV-2 patrí do čeľade koronavírusov, častých pôvodcov nádchy koronavírusy sú obalené, pleomorfné alebo sférické rozmery viriónu: 150 – 160 nm genóm vírusu tvorí ~30 kb a kóduje ~9860 aminokyselín virión obsahuje: (+)ssRNA, Spike (S) glykoproteín, nukleokapsid (N) fosfoproteín, membránový (M) proteín, Small Envelope (E) glykoproteín, Obal (Envelope) Poznámky ku klinickému kontextu Prenos infekcie vírus sa prenáša z človeka na človeka, sekundárne kvapôčkami (vzduchom) alebo kontaminovanými predmetmi riziko je najvyššie počas symptomatickej fázy prenos je možný tiež v pre-symptomatickej fáze, obyčajne 4 – 6 dní pred objavením sa symptómov existujú správy o možnom prenose aj po ústupe príznakov za rizikové (kontaminované) možno pokladať aj všetky biologické materiály od infikovaného pacienta, vírus sa vylučuje stolicou Inkubačná doba 2 – 14 dní Vírus postihuje pľúca (pneumónia) menovite alveolárne epiteliálne bunky (pneumocyty typ 2) na membránach alveolárnych buniek sa vyskytuje receptor s afinitou k vírusu za možný receptor sa pokladá Angiotenzín-konvertáza (ACE2) vírus preniká do bunky za pomoci vírusového S-proteínu koncentrácia receptoru v bunkovej membráne sa s vekom zvyšuje (riziko fatálnej pneumónie) Hlavné príznaky ( symptómy ) vyplývajúce z pneumónie: horúčka, kašeľ, dýchavica, obraz pneumónie na zobrazovacích vyšetreniach Nešpecifické príznaky: myalgia, únava, neobvyklé záchvaty bolestí hlavy Priebeh ochorenia pacientov 80% mierny, 15% ťažký, 5% kritický Riziko progresie k ťažkému priebehu pacienti nad 60 rokov komorbidity (malignita, DM, KVS ochorenia, chronické respiračné ochorenia) Poznámky k možnostiam laboratórnej diagnostiky Možnosti laboratórnej diagnostiky COVID-19 RT-PCR alebo iné amplifikačné metódy detekcia vírusového antigénu detekcia protilátok IgG, IgA, IgM sekvenácia vírusového genómu kultivácia na bunkových kultúrach Typy vzoriek orofaryngeálny ster (32%) nasofaryngeálny ster (63%) spútum vzorky z dolných dýchacích ciest Poznámky k real time reverznej transkriptáze PCR (rRT-PCR) Poznámky ku RNA extrakcii špecifická platforma na extrakciu nukleových kyselín špecifický kit pre RNK extrakciu manuálna extrakcia teplota 98oC, 10 min Poznámky ku génovej amplifikácii Gény na amplifikáciu N gén E and RDRp gény Orf 1 ab and N Senzitivita a špecificita závisí na type primérov kvalite vzorky Príčiny falošnej negativity nízka kvalita vzorky príliš včasný odber vzorky nesprávny transport a skladovanie vzorky technické príčiny ( mutácia vírusu ) + ( PCR inhibícia ) Iné amplifikačné systémy Reverzná transkriptáza „loop mediated isothermal amplification“ ( 30 min ) Integrované systémy STAT-DX ( Qiagen ) Xpert Xpress Sars-Cov-2 ( Cepheid ) Filmarray ( Bio Merieux ) Poznámky k detekcii protilátok ( IgA, IgM, IgG ) Lateral flow / ELISA / Chemiluminiscencia Kinetika imunitná odpoveď začína okolo 5-6 dňa po infekcii IgA - neexistuje veľa prác Stanovenia kolorimetrické versus fluorimetrické vysoká variabilita rozličných kitov Senzitivita nízka počas prvých dní po 10 dňoch sa zvyšuje na hodnotu okolo 70% Jednotky intenzívnej starostlivosti dekongescia Poznámky k detekcii antigénu ( lateral flow ) Stanovenie fotometrické ( coloidal gold ) fluorimetrické Senzitivita menej ako 50% závisí na „viral load“ Poznámky k podpornej laboratórnej diagnostike Zápalové parametre hsCRP IL-6 FW feritín Koagulačné parametre PT APTT D-dimér Rutínne biochemické parametre AST, ALT albumín, prealbumín urea, kreatinín glukóza CK-MB cholínesteráza cystatín C LDH HBDH LDL Diskusia K patogenéze COVID-19 Fáza vírusová zápalovej reakcie hostiteľa Štádium včasnej infekcie pulmonárne hyperinflamačné Ku vzťahu patogenézy a diagnostiky COVID-19 Štádium I ( vírusová fáza ) Klinika: horúčka, kašeľ, hnačka, bolesti hlavy Laboratórium: lymfopénia, zvýšené PT, D-dimer a LDH Štádium II ( vírusová fáza / fáza zápalovej reakcie hostiteľa ) Klinika: dyspnoe Laboratórium: hypoxia, patologický rtg nález na pľúcach, zvýšené transaminázy, znížený prokalcitonín Štádium III ( fáza zápalovej reakcie hostiteľa ) Klinika: ARDS, SARS, šok, kardiálna insuficiencia Laboratórim: zvýšené CRP, LDH, IL-6, D dimer, feritín, troponín, NT-proBNP K Reverse Real-Time PCR ( rRT PCR ): ide o kvantitatívne vyšetrenie kópií NK vírusu SARS-CoV-2 z nazofaryngeálneho a orofaryngeálneho steru (prípadne iných biologických materiálov) poznanie kompletného genómu SARS-CoV-2 umožnilo identifikáciu špecifických primérov a vytvorenie štandardných vyšetrovacích protokolov nakoľko sa jedná o RNK vírus, na amplifikáciu a získanie komplementárnej cDNA sa využíva enzým reverzná transkriptáza ( RT ) K cieľom ( targets ) ktoré možno detegovať metodikou ( rRT PCR ): RNA-dependentná RNA 96 polymeráza ( RdRp ) / helikáza ( Hel ) LoD: 11,2 RNA kópií pri senzitivite 95% vysoká špecificita (nebola dokázaná skrížená reaktivita) metodika implementová vo >30 laboratóriách v Európe RNA-dependentná RNA 96 polymeráza-Probe 2 ( RdRp-P2 ) LoD: 3,8 RNA kópií pri senzitivite 95% možná skrížená reaktivita s SARS-CoV Envelope ( E ) gén manuálne spracovanie - LoD: 5,2 RNA kópií pri senzitivite 95% Roche Cobas 6800 - LoD: 275,72 kópií pri 95% senzitivite jediný target plne automatizovanej metodiky Nukleokapsidový ( N ) gén LoD: 8,3 RNA kópií pri senzitivite 95% K interpretácii výsledkov pacienti s ťažkým priebehom majú až 60-násobne väčšiu vírusovú nálož ( viral load ), prítomnosť vírusovej RNA možno dokázať aj po 10 dňoch od začiatku príznakov vyšší viral load je asociovaný respiračným zlyhávaním, potrebou UPV, poruchou pečeňových funkcií a smrťou 90% pacientov s miernym priebehom dosiahne RT-PCR negativitu po 10 dňoch od začiatku príznakov negatívne výsledky nevylučujú infekciu interpretácia laboratórneho výsledku musí prebiehať súčasne s posudzovaním klinického obrazu K interpretácii výsledkov pomocnej laboratórnej diagnostiky Najčastejšie rutínne hematologické a biochemické patologické laboratórne nálezy Znížené hodnoty lymfocyty / lymfopénia ( 35-75% ) albumín / hypoalbuminémia ( 50-100% ) hemoglobín / anémia ( 40-50% ) Zvýšené hodnoty C-reaktívny proteín CRP ( 75-95 % ) laktát-dehydrogenáza LDH ( 30-90% ) rychlosť sedimentácie erytrocytov FW (85%) D-dimér ( 35-45 % ) Najvýznamnejšie prediktory ťažkého priebehu COVID-19 Znížené hodnoty lymfocyty / lymfopénia albumín/hypoalbuminémia Zvýšené hodnoty neutrofily/neutrofília laktát-dehydrogenáza LDH transaminázy AST, ALT troponín prokalcitonín C-reaktívny proteín CRP Porovnanie mortality MERS ( Middle East Respiratory Syndrom ) 35% SARS ( Severe Acute Respiratory Syndrom ) 10% COVID-19 ( Corona Virus Disease 19 ) 5% Distribúcia mortality < 10 rokov < 1% 10-20 rokov 1% 20-30 rokov 10% 30-80 rokov 90% > 80 rokov 5% K multidisciplinárnej spolupráci Je nevyhnutná spolupráca vedenia inštitúcie infektológie internej medicíny pneumológie intenzívnej starostlivosti pediatriae klinického laboratória K manažmentu pacienta Pri respiračnej symptomatológii alebo horúčke Vyšetrenie COVID-19 Pozitívne: izolácia na COVID-19 oddelení Negatívne: zopakovať vyšetrenie ( ak je výsledok negatívny zaradiť na normálne oddelenie ) Pri iných príznakoch ( v prípade prijatia ) COVID-19 vyšetrenie Pozitívny: izolácia na COVID-19 oddelení Negatívny: bežná starostlivosť K terapii v štádiu včasnej infekcie - podávať antivirotiká pulmonálnom - podávať antivirotiká + immunosupresíva hyperinflamačnom - podávať imunospresíva K liekom Antivirotiká lopinavir, hydroxychlorochín, remdesivir Imunosupresíva kortikosteroidy, IL inhibítory Nízkomolekulárny heparín v prípade koagulopatie Záver COVID-19 je ochorenie spôsobené vírusom SARS-CoV-2, ktorý sa prenáša kvapôčkami a postihuje pľúca Horúčka, kašeľ a únava sú hlavné klinické príznaky Inkubačná doba je do dvoch týždňov Riziko prenosu je hlavne v symptomatickej fáze, možnosť je aj v pre- a post-symptomatickej fáze Priebeh ochorenia v 80% prípadov mierny, v 20% ťažký až kritický Ohrození sú hlavne starší pacienti s komorbiditami Mortalita COVID-19 je v porovnaní s mortalitou SARS a MERS najnižšia Použitie metódy rRT PCR s využitím reverznej transkriptázy v rámci laboratórnej diagnostiky predstavuje metódou voľby Niektoré rutínne hematologické a biochemické parametre sú užitočné hlavne v kontexte predikcie ťažkého priebehu Výzvou je diferenciálna diagnostika COVID-19 voči chrípke a iným bežným respiračným infekciám Doporučenia Kvalitná vzorka je základný predpokladom spoľahlivého výsledku PCR predstavuje v súčasnosti metódou voľby Detekcia antigénu by predstavovala ideálny prístup na rýchlu diagnostiku, ale musela by mať podstatne vyššiu senzitivitu Vyšetrenie protilátok je komplementárne vyšetrenie za predpokladu senzitivity viac ako 70% a po uplynutí viac ako 5 dní od nástupu symptomatológie V kontexte vyššie uvedeného vidíme možnosti využitia rýchlotestov ( hlavne protilátok IgM, IgG ) v týchto prípadoch: pacienti na jednotkách intenzívnej terapie alebo hospitalizovaní po viac ako uplynutí 5 dní od nástupu symptomatológie pacienti s opakovane negatívnymi výsledkami vyšetrenia PCR ( za účelom potvrdenia infekcie, ak je podozrenie na falošnú negativitu PCR ) detekcia protilátok u zdravotníckeho personálu ( hlavne za účelom identifikácie už imunizovaných – prítomnosť IgG ) pochopenie epidemiologickej situácie ( postavenie / úloha asymptomatickej infekcie ) identifikácia vysoko reaktívnych donorov, ktorí vytvárajú hyperimúnne sérum za účelom terapeutického postupu ) klinické pokusy / plazma imunizovaných pacientov hodnotenie účinku vakcinácie ( do budúcna ) Literatúra Lippi G, Plebani M: Laboratory abnormalities in patients with COVID 2019 infection, Clin Chem Lab Med. 2020 Mar 3. doi: 10.155/cclm-2020-0198 ( E pub ) Center for Diseases Control and Prevention: Interim Guidelines for Collecting, Handling and testing Clinical Specimens from Patients for Coronavirus Disease 2019 Wu Z., Mc Gregor JM: Characteristics and Important Lessons From teh Coronavirus Disease 2019 ( COVID-19 ): Outbrake in China: Summary of a report of 72 314 Cases From the Chinese Center for Disease Control and Prevention: JAMA, 2020, Febr 24.doi:10.1001/jama.20202648 ( E pub ) Lippi G, Plebani M: The Novel Coronavirus ( 2019 nCoV ) outbreak: think the unthinkable and be prepared to face the challenge. Diagnosis ( Berl ).2020, Jan.28.doi:10.1515/dx-2020-0015. ( E pub ) WHO Coronavirus diseases 2019 ( COVID-19 ) Situation report-44 Mattiuzzi C, Lippi G: Which lessons shall we learn from the 2019 novel coronavirus outbreak ?, Ann Trans Med 2020, 8(3):48. Thang H et all: Angiotensin converting enzyme 2 ( ACE2 )as a SARS-CoV-2-receptor: molecular mechanisms and potential therpautic target: Intensive Care Med., 2020, Mar 3.doi: 10.1007/s00134-020-05985-9 ( E pub ) Kannan S, Shaik syed ali P, Sheeza A, Hemalatha K. COVID-19 (Novel Coronavirus 2019) - recent trends. Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2020;24(4):2006-2011. Chan JF, Yip CC, To KK, et al. Improved molecular diagnosis of COVID-19 by the novel, highly sensitive and specific COVID-19-RdRp/Hel real-time reverse transcription-polymerase chain reaction assay validated and with clinical specimens. J Clin Microbiol. 2020; Tan SS, Yan B, Saw S, et al. Practical laboratory considerations amidst the COVID-19 outbreak: early experience from Singapore. J Clin Pathol. 2020; Pfefferle S, Reucher S, Nörz D, Lütgehetmann M. Evaluation of a quantitative RT-PCR assay for the detection of the emerging coronavirus SARS-CoV-2 using a high throughput system. Euro Surveill. 2020;25(9) Corman VM, Landt O, Kaiser M, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020;25(3)
Manuál Covid-19Stiahnuť Čo mám robiť ak som COVID-19 pozitívnyStiahnuť Vystavenie potvrdenia o PN COVID-19Stiahnuť The post Odporúčania v súvislosti so šírením koronavírusu COVID-19 appeared first on MUDr. Iveta Marinová.
COVID-19 a Tradičná Čínska Medicína Vážení priaznivci TČM, vzhľadom k súčasnej situácii prikladám odkaz na aktuálny, veľmi zaujímavý článok o liečbe COVID-19 v Číne: MilanIvan.Blog.Sme.sk Prajem vám všetkým pevné zdravie MUDr. Lucia Kleinová The post
prejsť na článokMilí klienti, s cieľom zlepšenia našich služieb Vám radi ponúkame možnosť objednať sa na fyzioterapiu rovno k nám. Na termín sa dlho nečaká, tak neváhajte. Čo Vám ponúka naša šikovná fyzioterapeutka: diagnostiku a terapiu pohybového aparátu terapiu poú
prejsť na článokVypracovali: prof. MUDr. RNDr. Gustáv Kováč CSc MBA ( hlav. odb. MZ SR pre laboratórnu medicínu ) Dipl. Ing. Michal Farkaš ( hlavný odborník MZ SR pre laboratórne činnosti ) doc. Ing. Pavel Blažíček CSc ( prezident SSLM ) MUDr. Anna Porubenová MPH ( ved
prejsť na článokVypracovali prof. MUDr. RNDr. Gustáv Kováč CSc MBA, hlavný odborník pre laboratórnu medicínu, Dipl. Ing. Michal Farkaš, hlavný odborník pre laboratórne činnosti, prof. MUDr. Stanislav Oravec CSc, hlavný odborník pre klinickú biochémiu doc. Ing.
prejsť na článok